Xun Xu

人类口腔内有超过十亿的口腔微生物组，这些微生物不仅仅在口腔中发挥重要的作用。而且可以通过吞咽的方式进入消化道的其他位置，例如肠道，从而影响肠道微生物组，对人体的健康产生重要的影响。多个宏基因组研究均提示，口腔微生物组与风湿性关节炎、结肠癌、2型糖尿病等疾病有一定的关系。肠道微生物组的研究发现，人类遗传因素与肠道微生物组组成具有相关性。但是，高度动态变化的口腔微生物组是否也与宿主遗传因素具有一定的相关性呢？这一问题目前尚没有证据证明。近期深圳华大生命科学研究院刘小敏、张涛和贾慧珏作为共同通讯作者，在Cell Discovery上发表的最新工作，首次通过大样品基因组测序探索了宿主基因组对口腔微生物的影响，发现了5个影响口腔微生物组的显著性位点，并应用人工智能学习的方法探索了基因组和微生物对牙周疾病的预测性能，取得了较好的结果。

宿主基因组多态性宏基因组关联分析 miRNA 机器学习口腔菌群

口腔微生物组

揭著业+贾慧珏：人类口腔微生物基因组目录

华大基因的揭著业、贾慧珏与团队近期在Genomics, Proteomics & Bioinformatics上发表文章，阐述并提供了一个人类的口腔菌群基因组参考，高度代表未用于基因组装，可以促进细菌培养、功能筛选、疾病诊断和基于口腔微生物群的调节的宏基因组样本。值得专业人士仔细阅读。

口腔微生物组宏基因组组装基因组(MAGs) 研究论文

新冠肺炎

国内团队：新冠重症患者的呼吸道菌群失调特征

目前尚不清楚新冠患者的呼吸道和其他感染组织的微生物组成以及它们对不同程度疾病严重程度的可能致病作用，广州医科大学第一附属医院赵金存、黎毅敏和深圳华大研究院李俊桦、徐讯与研究团队，近期发表于Cell Discovery的一项研究发现，在广谱抗菌治疗的新冠重症患者中存在明显的微生物失调特征。

新冠肺炎呼吸道菌群

皮肤菌群

复旦+华大：迄今最大规模的中国汉族人皮肤菌群宏基因组研究

近年来，越来越多的微生物组研究将目光从肠道转向了肠外。其中，皮肤菌群备受关注。此前的研究已表明皮肤菌群对皮肤外观和皮肤健康具有重要作用。但是由于皮肤菌群的生物量较低，已发表的大多研究均采用了16S rRNA测序法。近期，复旦大学生命科学学院王久存团队与深圳华大生命科学研究院发表于Microbiome的这篇文章，采用宏基因组测序法检测了超过800个来自健康中国汉族人群面部皮肤菌群样本，分析了皮肤菌群的组成和功能特点，并提出了两种不同的皮肤亚型，加深了我们对皮肤菌群的理解。这些结果将有助于我们后续进一步探究皮肤菌群与皮肤疾病之间的关系。

皮肤菌群

遗传-菌群互作

张涛+贾慧珏+侯勇：深度剖析中国人的遗传-菌群关联

人体遗传因素在一定程度上能影响肠道菌群的组成和功能，但相关研究尚未充分开展。Cell Discovery近期发表了深圳华大生命科学研究院张涛、贾慧珏、侯勇与研究团队的成果，纳入近1300名中国人，首次通过深度的全基因组和宏基因组测序，分析了宿主遗传（常见变异、罕见变异和拷贝数变异）与肠道菌群之间的关联，并首次揭示了这些关联中的性别差异。这些发现对于研究宿主遗传因素对肠道菌群的影响及其在健康与疾病中的作用，有重要参考意义。

遗传-菌群互作微生物组全基因组关联分析性别差异

微生态变迁

纪立农+李俊桦等：Nature子刊揭秘成年人肠道微生态“变迁史”

肠道共生微生物伴随人类一生，影响宿主并受宿主的代谢、饮食等多重因素影响。Nature Aging近期发表了北京大学人民医院纪立农、深圳华大生命科学研究院李俊桦与研究团队的大人群数据研究，发现肠道共生菌群结构的宿主性别差异性、随宿主年龄的变化规律均具有跨人种的普适性，指出了宿主激素水平-肠道共生菌群-宿主代谢之间的重要关联。本研究开创性地探讨肠道共生微生态变化的普遍规律，对于揭示共生微生态-宿主互作、开发普适性的菌群干预手段具有重要意义，值得参考。

微生态变迁微生态-宿主互作大数据研究消化道微生态人

精神分裂症

马现仓+贾慧珏等：精神分裂症患者的肠道微生物组特征

肠道菌群可作用于肠脑轴，与神经疾病的发生存在密切关联。Nature Communications最新发表了来自西安交大一附医院马现仓团队和华大基因贾慧珏团队等的合作研究，鉴定出精神分裂症相关的人肠道微生物组的组成和功能特征，为进一步研究其发病机制和治疗方法提供了新线索。有兴趣的读者不妨结合阅读一下他们团队去年发表的一篇相关论文（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1099252167），会有更多收获。

精神分裂症 Risk factors schizophrenia 宏基因组关联分析肠道微生物组

2型糖尿病

国内团队：前驱糖尿病与未治疗2型糖尿病患者的肠道菌群变化

来自深圳华大基因研究院团队与苏州疾控中心团队合作在EBioMedicine上发表的一项最新研究，通过对未经治疗的2型糖尿病患者、前驱糖尿病患者及血糖正常的健康人的肠道宏基因组及宏蛋白组进行分析对比，鉴定出了2组患者在肠道菌群及功能上的变化。

2型糖尿病 metagenomics Metaproteomics prediabetes Treatment-naïve type 2 diabetes

菌群-肠-脑轴

马现仓+贾慧珏等：肠道菌群异常可影响色氨酸代谢，促进小鼠精神分裂症状

Molecular Psychiatry最新发表了由西安交通大学附属第一医院马现仓和华大基因贾慧珏等主导的研究，用粪菌移植等方法表明肠道菌群异常可促进精神分裂症，一定程度上与菌群引起的色氨酸代谢异常（色氨酸-犬尿氨酸-犬尿喹啉酸通路上调）有关，提示菌群-肠-脑轴在精神分裂症中的重要作用。

菌群-肠-脑轴精神分裂症粪菌移植小鼠色氨酸代谢

肠道细菌参考基因组

华大基因团队：1520个人肠道单细菌参考基因组，助力菌群研究

华大基因的肖亮、贾慧珏和李俊桦与团队的重要研究，近期在Nature Biotechnology发表。该研究通过培养组学方法，从健康人粪便样本中获得1520个单菌基因组草图，对现有的人肠道细菌参考基因组有很大补充；并通过功能注释和泛基因组分析，加深了对肠道细菌功能和特点的了解。这些成果将助力人肠道宏基因组学分析和相关应用转化研究，值得专业人士仔细阅读。

肠道细菌参考基因组肠道菌群培养组学宏基因组学肠道菌群功能

儿童肠道菌群

学龄儿童可能存在3种肠型特征

儿童肠道菌群 School-age children Gut microbiota enterotype Metabolic phenotypes

根际菌群

赣南师大+华大基因：全球柑橘的根际微生物组研究

赣南师范大学国家脐橙工程技术研究中心的王年教授与华大基因的 Jin Tao 在 Nature Communication 上发表研究论文，公布了对来自六大洲土壤和柑橘根际微生物的研究成果。

根际菌群柑橘土壤宏基因组 Sarwa Darwish Murad Louise Jm Alferink

子宫共生菌群

华大基因+北大深圳医院：宏基因组测序表明子宫有菌

这是华大基因贾慧珏博士领衔并与北大深圳医院吴瑞芳教授合作的女性生殖道菌群研究的新进展。在之前研究（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1058590604）的基础上，他们又结合Illumina和BGISEQ-500测序平台，通过宏基因组测序鉴定了从阴道至腹膜液微生物的渐变特征，还通过附加人群交叉验证了所得结论。迄今为止最为系统的中国人女性生殖道菌群研究，值得特别关注。相关阅读：Microbiome：现有证据不足以支持子宫内有菌（综述）（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1033194888）；子宫内膜有什么菌群？对生育有何影响？(综述)（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1091906476）；Nature：子宫里的胎儿有菌无菌？可能有但争议犹存（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1067265924）；Lancet子刊：菌群研究要警惕“喜马拉雅山上的蓝鲸”（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1090644533）。

子宫共生菌群 metagenomics microbiota Female upper reproductive tract 宏基因组测序

共生固氮

华大基因等：植物-固氮菌共生的进化机制

氮是植物生长的必须元素，然而只有部分植物能与土壤中的固氮细菌共生，固定空气的氮供植物吸收。Science近期上线一项由华大基因参与主导的研究，通过比较基因组学方法，发现植物中的NIN和RPG基因可能对调节植物-固氮菌共生有重要作用，并提出了“多重独立丢失”的新假说以解释植物共生固氮的演化机制。这些发现将有助于用生物工程技术改造农业种植，以达到增产和减少氮肥使用的目的。

共生固氮植物比较基因组学植物基因组测序

胆汁酸

NC：肠道菌群不同，阿卡波糖治糖尿病的效果不同

这是上海交大瑞金医院和华大基因团队所做的肠道菌群与糖尿病药物的潜在个体化应用研究，值得好好看看。

胆汁酸阿卡波糖 2型糖尿病 Rima H Mistry Uwe J F Tietge

肥胖

Nature医学：中国年轻人群的肠道菌群及血清代谢组

由上海瑞金医院和华大合作的研究，最近也是火爆了朋友圈，很重磅的成果，必须值得认真读一读。

肥胖减肥干预血清代谢组

参考基因集

史上最多双胞胎菌群测序：250人，鉴1140万基因+800万SNP

华大基因参与的一项研究，对250名成年英国双胞胎进行粪便菌群宏基因组测序，建立起包含1140万个基因的肠道菌群参考基因目录（比2014年同样由华大参与并发表在Nature Biotechnology的988万又多了一百多万个），同时还鉴定出肠道菌群中的8百万个SNP，并明确肠道菌群的可遗传性和环境因素的影响。这又是一篇宏基因组测序的重要文章，特别推荐！值得一提的是，该文主要作者都在我们的Hi Microbes系列群里，这篇文章也是今年群友发出的最重要文献之一。

参考基因集宏基因组测序 SNP 遗传因素环境因素

参考基因目录

Nature子刊：在猪肠道中鉴定出770万个微生物基因（2016）

对来自287头猪的粪便DNA进行了宏基因组深度测序，鉴定出719个宏基因组物种，770万个非冗余基因，这个与迄今为止在人类肠道菌群中发现的基因数量（http://mc.gutgutgut.cn/papers/read/1045745408）有得一拼哪。强烈推荐看一看。

参考基因目录抗生素耐药基因猪抗生素抗药性

类风湿关节炎

类风湿性关节炎患者口腔及肠道菌群受到扰乱且在治疗后部分恢复

① 纳入类风湿关节炎患者（RA）及健康人的粪便、牙齿及唾液样品，分析三个部位样品菌群组间差异；② RA患者口腔及肠道菌群失调，且具有一致性，治疗后菌群可部分恢复；③ RA患者样本中，嗜血杆菌属消失殆尽且与血清抗体水平呈负相关，唾液乳酸杆菌过表达且与RA活跃程度正相关；④ 在功能上，RA患者体内的氧化还原环境、铁、硫、锌和精氨酸的转运和代谢发生改变；⑤ 检测到与RA相关的人类抗原的分子拟态，提出利用菌群进行预后和诊断的可能方法。

类风湿关节炎口腔菌群肠道菌群 W H Wilson Tang Stanley L Hazen

婴儿肠道微生物

Cell子刊：出生第一年，人的肠道菌群会怎么变？（综述）

① 纳入98对母子，并对其出生后第一年的肠道微生物进行测定；② 与经阴道分娩的婴儿相比，剖腹产婴儿的肠道微生物群与母亲肠道微生物群的相似性明显降低；③ 营养和外源代谢的变化标志着肠道微生物群的成熟；④ 营养对早期微生物群的组成和功能有重大影响，停止母乳喂养对于婴儿肠道微生物转变为成人样微生物群是必需的，而引入固体食物是非必需的；⑤ 微生物群落的组成和生态网络在每个采样阶段都具有不同的特征，与微生物群落的功能匹配相一致。

婴儿肠道微生物母乳喂养

参考基因

Nature子刊：在人类肠道中鉴定出近988万个微生物基因（2014）

2014年，以MetaHIT为班底的团队，特别是华大基因团队，在Nature Biotechnology上公布了截至当时最全的肠道微生物参考基因集，包含9879896个基因，这是令人震惊的数字！

参考基因人肠道宏基因组基因集数据库 metaHIT Hsin-Jung Joyce Wu

复旦+华大：迄今最大规模的中国汉族人皮肤菌群宏基因组研究

近年来，越来越多的微生物组研究将目光从肠道转向了肠外。其中，皮肤菌群备受关注。此前的研究已表明皮肤菌群对皮肤外观和皮肤健康具有重要作用。但是由于皮肤菌群的生物量较低，已发表的大多研究均采用了16S rRNA测序法。近期，复旦大学生命科学学院王久存团队与深圳华大生命科学研究院发表于Microbiome的这篇文章，采用宏基因组测序法检测了超过800个来自健康中国汉族人群面部皮肤菌群样本，分析了皮肤菌群的组成和功能特点，并提出了两种不同的皮肤亚型，加深了我们对皮肤菌群的理解。这些结果将有助于我们后续进一步探究皮肤菌群与皮肤疾病之间的关系。