Jack A Gilbert

先前的研究发现，长期使用抗生素可诱导APPPS1-21雄性小鼠（阿尔兹海默症模型）的肠道菌群失调，并导致β淀粉样蛋白（Aβ）病理减少及斑块相关小神经胶质细胞的表型变化。Journal of Experimental Medicine上发表的一项最新研究结果，发现抗生素诱导的小鼠大脑Aβ淀粉样变性减少依赖于小神经胶质细胞。

肠-脑轴研究论文基础研究啮齿动物（小鼠）阿尔兹海默症

败血症

Nature子刊：粪菌移植治疗人病原体引起的小鼠败血症

败血症是导致重症监护病房（ICU）危重病人死亡的重要原因之一，其特点是多重耐药的医疗相关病原体的定植。近期发表在《Nature Communications》的文章，揭示出粪菌移植通过恢复机体系统性免疫，加速病原体的清除，从而提高小鼠在人病原体诱发败血症的生存，并提出产生丁酸的拟杆菌有重要作用。提示我们粪菌移植或是败血症并发免疫抑制的一种治疗方法。

败血症粪菌移植 IRF3 拟杆菌门 Antimicrobial responses

空气菌群

秦楠+朱听：城市空气颗粒物中的菌群

上海第十人民医院秦楠和清华大学朱听与团队，近期在Genome Biology发表研究，对2012-2013年间北京的空气样本，进行宏基因组测序分析，测定了空气中含有的主要菌群，并发现菌群的抗生素耐受性普遍存在。随着雾霾的加重，空气菌群组成呈动态变化，且来源于哺乳动物的菌群增加。该研究为雾霾天气的致病性提供了证据。

空气菌群颗粒物空气污染 Jilian Li Jilian Li

动物肠道菌群

鸟类和蝙蝠肠道菌群结构类似，或与飞行适应相关

哺乳动物的饮食和宿主系统发育地位，驱动着肠道菌群变化，但这种驱动模式是否适用于所有的脊椎动物尚不清楚。mBio最近的研究中，纳入315种哺乳动物和491种鸟类，分析饮食、系统发育和生理对肠道菌群的作用，发现鸟类和能飞行的哺乳动物-蝙蝠的菌群组成相似性高，在不具备飞行能力的哺乳动物中，饮食和短期进化亲缘关系驱动着微生物组成变化，并且许多微生物物种是特定存在于一种哺乳动物的。但鸟类和飞行类哺乳动物-蝙蝠打破了这种模式，它们的许多微生物在不同宿主间共享，与饮食或宿主的亲缘关系几乎没有相关性。本研究结果提示，对飞行的适应性或破坏了宿主和微生物之间长期存在的共进化关系。

动物肠道菌群饮食进化飞行微生物组

皮肤菌群

复旦大学团队：儿童皮肤菌群结构与年龄和母亲因素密不可分

复旦大学研究团队近期发表在《Journal of Investigative Dermatology》上的研究表明，儿童10岁以前皮肤菌群的变化也是有规律可循的。其一方面随着年龄的增长而自然发生改变，另一方面也受到母亲因素的影响。需要进一步研究皮肤菌群与儿童健康之间的关联。

皮肤菌群儿童年龄母亲因素菌群变化

哮喘

哮喘患者的呼吸道菌群

Journal of Allergy and Clinical Immunology上发表的一项最新研究，对比了哮喘患者与健康人的呼吸道菌群（包括真菌与细菌）的差异，并分析了呼吸道菌群组成及多样性与哮喘表型之间的关联。

哮喘 16S ribosomal RNA FEV1 Airway inflammation Asthma

空气菌群

过敏患者卧室中的空气菌群及过敏原

空气菌群空气菌群过敏原过敏 Yinglin Xia

共生微生态

Nature子刊：用群体生态学视角研究微生态

宿主和共生菌群间复杂的互作对宿主健康有重要影响。《Nature Medicine》近期发表前瞻性观点文章，介绍了与菌群建立、演替、紊乱和重建相关的生态学概念和理论，及其在疾病诊疗、健康维持中的作用。

共生微生态观点评论 Olivia Raglan Maria Kyrgiou

微生物-环境互作

共生菌群与环境菌群互作——同住增加皮肤菌群相似性

环境菌群与居住者共生菌群存在互相影响。《Microbiome》近期发表一份美国空军学员的人群研究，发现居住、饮食、生活环境一致后，同住者的皮肤菌群具有相似性，皮肤菌群与环境菌群之间存在先行相关性，但肠道菌群结构却不受显著影响。该结果对于阐述环境与居住者间、居住者之间的菌群相互交流现象具有参考价值。

微生物-环境互作 Dormitories gut microbiome human microbiome Longitudinal homogenization

菌群-肠-脑轴

Nature子刊：产生神经递质GABA的肠道菌可能与抑郁症有关联

菌群-肠-脑轴是肠道菌群研究中的重要领域，通过调节菌群来改善神经疾病是很有吸引力的研究方向。Nature Microbiology本周发表的一项研究，通过共培养方法，鉴定出一系列产生神经递质γ-氨基丁酸（GABA）的肠道细菌，其中拟杆菌属的丰度与抑郁症负相关。

菌群-肠-脑轴抑郁症肠道菌群神经递质 γ-氨基丁酸

土壤菌群

浙江大学张志剑：土壤菌群与水稻土溶解有机质息息相关

来自浙江大学张志剑团队在Microbiome上发表的一项最新研究，发现水稻土中的溶解有机质的多样性及组成，与土壤菌群的多样性、组成及代谢通路显著相关。

土壤菌群 Chemodiversity Dissolved organic matter FT-ICR-MS Microbial diversity

菌群多样性

Science：保护人体菌群多样性刻不容缓

随着现代化进程，人体肠道菌群多样性在几代人中不断下降，可危害人类健康。如何阻止菌群多样性的丧失？如何恢复人体的菌群多样性？Science最新刊登的由几位大佬共同撰写的观点文章，值得好好看看。

菌群多样性

微生物暴露

微生物暴露如何影响人体健康（综述）

Current Opinion in Microbiology近期发表综述，探讨了环境和生活方式等相关的微生物暴露，是如何影响免疫和菌群，从而影响人体健康的，并对精准微生物疗法提出了一些建议，值得专业人士参考。

微生物暴露微生物组微生物疗法

改善肠道菌群或能帮助治疗牛奶过敏

牛奶过敏可能由IgE介导，也可能由非IgE机制介导。Scientific Reports上发表的一项最新研究结果，鉴定出了非IgE介导的牛奶过敏患儿的肠道菌群特征，发现其与IgE介导的牛奶过敏患儿的肠道菌群有部分相似之处，利用鼠李糖乳杆菌治疗可更好地改善患儿的菌群失调。

牛奶过敏

改善肠道菌群或能帮助治疗牛奶过敏

牛奶过敏可能由IgE介导，也可能由非IgE机制介导。Scientific Reports上发表的一项最新研究结果，鉴定出了非IgE介导的牛奶过敏患儿的肠道菌群特征，发现其与IgE介导的牛奶过敏患儿的肠道菌群有部分相似之处，利用鼠李糖乳杆菌治疗可更好地改善患儿的菌群失调。

牛奶过敏过敏牛奶过敏 IgE

环境菌群

Nature Reviews：不可忽视的建筑环境菌群（综述）

Nature Reviews Microbiology上发表的一篇综述文章，详细介绍了建筑环境中的菌群研究最新进展，包括相关的方法学、人体与建筑环境之间的菌群传播、室内菌群及代谢产物对人体健康的影响、如何改善建筑环境中的菌群等，值得读读。

环境菌群环境菌群室内菌群 Jianhui Xie Ziren Su

土壤菌群

人口密度对城市绿地土壤菌群有何影响

城市化对城市内土壤菌群有何特征？Environmental Science & Technology[IF：6.198]近期发表研究指出，城市绿地土壤菌群多样性与人口密度相关。

土壤菌群绿地人口密度

地球微生物组计划

地球微生物组计划简介

2010年，地球微生物组计划开始实施，目前已获得近3万份样本。地球微生物组计划的数据将向全世界科学家共享，将大力推动微生物组研究的发展。

地球微生物组计划 amplicon global META-ANALYSIS metadata

微生物组

一图读懂：人体菌群研究的阶段性总结（Nature医学必读综述）

Nature Medicine刚刚上线的由Rob Knight主笔的综述，回顾了现阶段人体菌群领域的进展情况，重点总结了人体研究的相关结论，也包括人体与动物研究相结合以阐述因果性的例子。干货很多，此处仅做概述性导读，文章具体内容值得专业人士深挖。

微生物组人体菌群 Microbiome Bruce A Edgar Peng Zhang

相互作用

南土所褚海燕组揭示pH主导土壤中固氮群落的共存与装配

根际固氮菌具有广泛的生态分布和适应性，尽管固氮对提高甘蔗和玉米、水稻、小麦等经济作物的产量具有重要意义，但人们对固氮菌在农业土壤中不同根相关区域的组成和共现情况仍不清楚。本文基于提出的两个假设，通过对土体土、松散结合土和紧密结合土的对比分析研究了固氮群落在麦田根际和土体土中的共存与装配过程，以及土壤pH对固氮群落的结构和多样性及装配过程的影响，最终结果表明土壤pH控制着麦田土壤固氮群落的相互作用和装配过程，中性pH的土壤可能具有更稳定的固氮群落，这有助于加深我们对农业土壤生物固氮的认识。

相互作用固氮群落根际装配过程 Miriam Ferrer

系统生物学

COB：人体微生物组中的系统生物学（综述）

菌群与人体代谢、免疫、内分泌、神经系统等诸多方面都有复杂的相互作用。如何从系统生物学的角度来研究菌群、从系统医学的角度来利用菌群，是菌群领域的一个重要研究方向。Current Opinion in Biotechnology[IF：9.294]近期发表的综述对此进行了讨论，值得专业人士参考。

系统生物学 Maya Schulpen Piet A van den Brandt

线粒体

mSystems：菌群-线粒体之间的联系

① 1960年代，美国生物学家Lynn Margulis提出了细菌与线粒体可能有着相同的系统发育历史；② 线粒体是原始的需氧多型细菌（可能与立克次氏体目相关）的后裔；③ 需氧细菌与古老的厌氧菌（可能是古细菌）建立了共生关系，使早期线粒体有了代谢多样性，可在有氧或无氧条件下为宿主提供能量；④ 本文介绍了线粒体-菌群轴，后者是宿主-菌群共生关系的基础之一；⑤ 肠道菌群的代谢产物影响线粒体的功能与生物起源。

线粒体

法医学

MB：微生物组可用作法医工具？

研究法医学的人，现在越来越关注微生物组，关心的人可以再看看这篇文章。

法医学微生物群落微生物指纹

就业机会

MB：菌群疗法创业公司，需要靠谱预测模型

这是Microbial Biotechnology[IF：3.513]发表的一篇小文章，由Jack A Gilbert领衔，系统性介绍了多家初创公司所做的菌群疗法创新，肯定了粪菌移植的有效性，对不同的配方菌群在治疗中的潜力做了客观分析，提出在复杂的菌群中找到新疗法，需要更好的数学模型，以提高研发效率。很值得看的文章，特别推荐。

就业机会创业预测模型 Microbiome Jochen Huehn

精准医学

TPS：是时候将微生物组引入精准医学了！（综述）

TRENDS IN PHARMACOLOGICAL SCIENCES [IF：11.840]上最新online的一篇综述，系统介绍了微生物组如何应用于精准医学。作者是Thomas M Kuntz和Gilbert Jack，想必大家非常熟悉了。名家之作，强烈推荐。

精准医学益生元益生菌抗生素 Jing Yan

阿米什人

NEJM：传统农耕+更多灰尘+微生物，儿童哮喘骤减

阿米什人胡特尔人传统耕作工业化耕作过敏性疾病

抗菌香皂

Science：要小心你家的抗菌香皂么？

Jack A Gilbert和同事在Science写的一个观点文，探讨常用家庭卫生产品里的抗菌物质，特别是三氯生对人体微生物组的影响。家庭卫生用品，这在千家万户都有，但它们带给人类的微生物消失，到底是好是坏？争论还在持续。

抗菌香皂三氯生 Narine Arabyan Bart C Weimer

ISME：家蝇幼虫处理猪粪，为何能让抗性基因减少？

动物饲料添加剂中滥用的抗生素可能增加动物粪便制成的肥料中的抗生素抗性，而利用家蝇幼虫处理猪粪，可以减少抗生素对肥料的污染。浙江大学等团队和Jack A Gilbert合作的研究成果，很值得读一读。

Bosheng Chen Chao Sun Yongqi Shao

DNA测序

Nature：精准诊断和治疗疾病，MWAS来帮忙！

① DNA测序、代谢组、蛋白组和计算工具快速发展，推动微生物组与疾病相关联；② 时间序列研究和多分子视角促进MWAS发展，已有研究支持MWAS的可靠结果；③ 对精准诊断和治疗来说，应充分理解微生物组和饮食、化学、健康的复杂关系，并要确定记录和整合这些动态变化的检测频率；④ 特别提出MWAS的原则。

GWAS MWAS DNA测序代谢组蛋白组

土壤菌群

ISME：中国东部，从南到北的土壤微生物有何特点？

浙江大学徐建明团队和Jack A Gilbert的合作成果，对中国东北从海南岛黑龙江的土壤进行了一次“普查”，相关研究方法值得认真学习。

土壤菌群共存关系模式同现网络拓扑特性地理分布模式土壤微生物组