Jeroen Raes

多发性硬化肠道菌群预后

临床和人群研究已经描绘了人类微生物组的多样性及其影响因素和在疾病中的变化。针对微生物组的调节也被认为是疾病治疗的新策略。Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology近期发表了年度回顾文章，介绍了2022年中发表的3项关于微生物组调节工具领域的重要进展，分别涉及评估肠菌对营养物质的偏好（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1099621374）、记录肠菌基因表达历史（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1084729113）和减少抗生素治疗对肠菌影响（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1050730216）。这些工具及方法为调节肠菌的组成及功能、评估干预措施的体内效果和个体间差异提供了新的视角，尽管目前只在小鼠模型中进行了测试，但显示出改变微生物调节治疗的发展潜力。

微生物组疗法综述微生物组肠道菌群工程菌

生活史

Nature子刊：长期生活史对老年人肠道菌群的影响

Nature Aging上发表的一项队列研究结果，在300多名意大利老年人中，分析了长期生活史对当前菌群的影响，发现β受体阻断剂使用、体育运动、血红蛋白水平、谷氨酰转移酶水平等历史变量对当前菌群的影响较大。

生活史研究论文队列研究

单细胞

Cell：人类微生物组研究的单细胞方法（综述）

随着人类微生物组研究的深入，新的研究方法也不断出现并普及。Cell最新发表了来自比利时鲁汶大学Jeroen Raes团队的重磅综述，详细介绍了用于研究人类微生物组的各种前沿单细胞方法，并探讨了该领域存在的挑战。文章干货很多，推荐研读原文。

单细胞人类微生物组单细胞RNA测序单细胞基因组学高通量培养组学

低温保存方法

低温保存介质条件影响人肠道厌氧菌恢复和培养

在培养组学研究的样品收集阶段，粪样保存的最佳条件对于后期尽可能覆盖和恢复肠道微生物组的多样性至关重要。Microbiome最新发表的文章对不同的低温保存方法进行了探索。

低温保存方法肠道菌群培养组研究论文

肠道病毒组学

PNAS：认识新生儿肠道病毒组变化规律

发表在《PNAS》上的一项针对健康新生儿的长期随访研究发现，新生儿肠道病毒组变化具有一定的规律。既往的研究更多关注的是细菌组，而忽略了真菌和病毒的存在。这项研究为揭示健康婴儿肠道菌群变化规律，为进一步研究婴儿肠道微生物群变化的影响因素提供有价值的科学数据。

肠道病毒组学研究论文新生儿

菌群传播

Nature子刊：肠道微生物在多代家族中的传播规律

Nature Microbiology近期发表的一项研究，通过对24个多代（3~5代）家族的女性成员进行肠道菌群的宏基因组学分析，揭示出亲属关系和共同居住是肠道菌群在家庭成员之间传播和留存的关键驱动因素。

菌群传播肠道菌群

肠道菌群

揭秘婴儿肠道菌群演变史

肠道菌群儿童菌群演变

人类肠道菌群

Nature子刊：定量揭示人肠道菌群的变化性——对临床研究有何影响？

人肠道菌群不仅具有个体间差异，在同一个体内也呈现随时间的动态变化。Nature Communications近期发表研究，对20名比利时健康女性进行为期6周的密集式粪便采样，对共713个样本进行定量分析，在菌属水平上揭示了个体内和个体间的肠道细菌绝对丰度和相对丰度的变化性，还从菌群整体（肠型）的角度进行了分析，并探索了与菌群组成变异性相关的宿主协变量。鉴于菌群的这种波动性变化，该研究强调了多次采样对基于微生物组的靶标鉴定和诊断筛查的重要性。

人类肠道菌群临床微生物组分析菌群变化

肠道菌群

粪便菌群与小肠和大肠的肠道运输时间有关

Gut上发表的一篇letter，报道了人体BMI和肠道生理情况（小肠和大肠的运输时间、小肠pH等）与粪便菌群组成的关联。

肠道菌群肠型

肥胖

为何有的胖小鼠更易得糖尿病？与菌群及其代谢物等有关

ob/ob小鼠和db/db小鼠都是瘦素通路的缺陷型小鼠，尽管二者都会发展为严重肥胖，但db/db小鼠更容易发生糖尿病。Microbiome近期发表的一项研究通过对这两种小鼠模型进行比对分析，表明二者的代谢表型差异与特定的炎症调性、血清LPS浓度、胆汁酸代谢、短链脂肪酸谱和肠道菌群组成有关。

肥胖糖尿病瘦素信号通路肠道菌群 LPS

采样深度

Nature子刊：基准菌群转换有利于解决组成性和采样深度偏差的实验定量方法

宏基因组测序中，由于序列矩阵的稀疏性和组成性，菌群数据的下游分析和临床解释仍然具有挑战性，在本研究中，作者对一系列广泛的可用计算和实验转换方法的优点和局限性进行了系统评估，这些方法已被提议用于处理序列数据分析中的组成性和采样深度变化。作者的基准证明了定量方法在报告样本丰富度以及准确恢复真正的分类单元，分类单元和分类单元间，分类单元与元数据关联方面优于其他计算方法的性能，同时最小化了假阳性关联的检测。

采样深度组成性基准菌群转换稀疏性宏基因组测序

代谢健康

一种宿主+菌群的共代谢产物，或对代谢健康有关键影响

肠道菌群产物参与调控宿主代谢，马尿酸是一种菌群和宿主的共代谢产物，此前研究表明马尿酸与健康的代谢表型相关。Gut近期发表的一项研究，通过人体研究揭示了尿液马尿酸、肠道菌群、饮食和代谢健康之间的关联，并在动物实验中检验了马尿酸与糖稳态调节的因果关系，表明马尿酸不仅可作为代谢健康的标志物，还在宿主代谢健康中起到重要的介导作用。

代谢健康肠道菌群-宿主共代谢物马尿酸

遗传-菌群互作

Nature子刊：1.8万人数据揭示遗传因素如何影响人肠道菌群

肠道菌群的组成受到饮食、药物等诸多因素的影响，宿主遗传因素也在一定程度上影响菌群特征，但相关研究还比较缺乏。Nature Genetics最新发表了由荷兰格罗宁根大学医学中心团队领导的MiBioGen国际联盟研究，中科院微生物所王军研究员是该论文的共同第一作者，格罗宁根大学傅静远教授为共同作者。该研究纳入了欧美、中东、东亚多个国家和种族的24个队列、超过1.8万人的基因组和肠道菌群数据，揭示了肠道菌群在不同人群间的异质性，鉴定出若干可遗传的细菌类群以及31个影响菌群组成特征的基因位点（例如：乳糖酶基因可影响双歧杆菌、岩藻糖转移酶基因可影响特定瘤胃球菌），并通过基因集富集分析、全表型组关联研究和孟德尔随机化方法等，探索了遗传-微生物关联对宿主健康相关特征的潜在影响，包括特定肠道细菌与人类疾病间的因果效应等。该研究是迄今规模最大的人类遗传与肠道菌群的关联性研究，推荐专业人士参考和研读。

遗传-菌群互作 genome-wide association studies Microbiology 微生物组全基因组关联分析人肠道菌群

糖尿病

Nature子刊：不健康饮食相关的一种菌群代谢产物，与糖尿病存在关联

丙酸咪唑（ImP）是新发现的肠道细菌代谢组氨酸的产物。小鼠的研究发现ImP可以通过MAPK通路破坏葡萄糖代谢。但ImP在患者中与疾病的相关性并没有研究。近期一篇发表在Nature Communications的多中心队列分析发现，血清中丙酸咪唑上升与前驱糖尿病和2型糖尿病显著相关，与肠道菌丰度下降，和拟杆菌2肠型显著相关，与系统性炎症显著相关。丙酸咪唑的上升与不良的饮食习惯相关，但与组氨酸摄入量无关。因此对于前驱糖尿病和2型糖尿病患者的治疗应当考虑个性化膳食以抑制细菌组氨酸代谢的途径。

糖尿病肠道菌群代谢产物丙酸咪唑肠道菌群前驱糖尿病

菌群疗法

Nature子刊：研究微生物组疗法，少不了体外生态学

Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology近期发表了来自Jeroen Raes团队的评论文章，讨论了体外生态学方法在微生物组疗法研究中的重要作用。

菌群疗法生态学

微生物组全基因组关联分析

Nature子刊：遗传与肠道菌群特征的新关联

遗传是影响微生物组的因素之一，但目前人们对这一领域的认识仍很有限。《Nature Microbiology》发表的一项最新研究，在1个比利时队列和2个德国队列中进行了微生物组全基因组关联分析，鉴定出多个菌群与宿主遗传之间的新关联，并用孟德尔随机化方法分析了特定肠道菌与疾病表型的潜在因果关系，推荐专业人士关注。

微生物组全基因组关联分析 Genetics Microbiome Quantitative trait 宿主-菌群互作

肠道菌群失调

Nature：他汀类药物或能帮助改善肥胖者的肠道菌群健康

此前研究表明，人的肠道菌群或能根据优势细菌的种类，划分为4种肠型。其中Bact2肠型以拟杆菌属占比高、粪杆菌属占比低、微生物密度较低为特征，与系统性炎症和便溏（稀便）存在关联，是潜在的菌群失调肠型。Nature发表的一项最新研究，对欧洲BMIS队列参与者进行了横断面相关性分析，发现Bact2肠型在肥胖人群中明显更加普遍，但在服用他汀类药物（降胆固醇药）的肥胖者中，这一比例从17.7%降到了5.9%。未来需开展随机对照试验，来检验他汀类药物对菌群的组成和健康是否具有调控作用。

肠道菌群失调 Clinical microbiology Metabolic syndrome metagenomics Microbiome

动物菌群

地理区域及栖息地如何影响家蝇的体内及体表菌群

动物菌群家蝇地理区域栖息地 Xuebin Wang

微生物生态学

Nature Reviews：合成生态学助力人肠道菌群研究（综述）

肠道菌群是一个复杂的生态系统，目前人们对于菌群内不同成员之间的互作关系和机制，仍然所知甚少。用合成菌群作为模型，有助于解决这一问题。Nature Reviews Microbiology近期发表了由比利时鲁汶大学Jeroen Raes主导的综述，详细阐述了人类肠道菌群的合成生态学研究所涉及的3个主要方面，并依次分析了每方面的研究现状以及所需要解决的问题。

微生物生态学合成生态学肠道菌群 Joanna Aldoori Mark A Hull

红酒

适量喝红酒或能增加肠道菌群多样性

Gastroenterology发表的一项通讯研究，分析了英国TwinsUK队列中900多名双胞胎的喝酒情况与肠道菌群多样性的关系，发现喝红酒与菌群α多样性增加显著相关，可能介导了红酒对体重和脂代谢的潜在益处。研究者认为，红酒富含的膳食多酚可能在其中起主要作用。

红酒 Gut microbiota Red wine epidemiology 肠道菌群多样性

AKK菌

Nature子刊：补充Akk菌可改善胖人代谢，死菌效果好

Akk菌（嗜黏蛋白阿克曼菌）的丰度与肥胖、2型糖尿病和高血压负相关，《Nature Medicine》最新发表了来自比利时鲁汶大学Patrice D Cani团队的Akk菌干预的首次临床试验结果。继该团队之前的动物研究（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1074867072），这项最新的人体研究同样表明，补充灭活的Akk菌可显著改善超重/肥胖的胰岛素抵抗者的多项代谢指标，且安全性良好，而补充Akk菌活菌则没有太明显的益处。这些发现为后续的大规模临床试验奠定了良好的基础，而死菌优于活菌背后的生物学机制也很值得深挖，或能为益生菌等干预研究带来新启示。

AKK菌随机双盲对照试验 Akkermansia muciniphila 超重/肥胖胰岛素抵抗

肠道菌群标志物

Nature子刊：粪便菌群的定量分析，揪出疾病相关的菌群标志物

肠道菌群标志物标志物原发性硬化性胆管炎炎症性肠病 Ting Li

脑-肠-菌群轴

Nature子刊：肠道菌群如何影响心理健康？

肠道菌群在肠脑轴中具有重要作用。近期发表在Nature Microbiology的一项人群队列研究显示，粪杆菌属、粪球菌属和小杆菌属等肠道细菌以及肠道菌群的丁酸代谢、多巴胺代谢等过程可能与心理健康相关，从人群层面一定程度上揭示了肠道菌群与心理健康的关联性，值得参考。

脑-肠-菌群轴队列研究心理健康欧洲人群抑郁

肾病晚期

肾病末期患者的肠道菌群

来自Gut的一篇通讯短文，对17例肾病末期患者的肠道菌群组成进行纵向追踪分析，发现患者的菌群组成缺少共性特征，但特定尿毒症毒素水平与特定肠道菌存在关联，特别是对甲酚偶联物（pC）和硫酸吲哚酚（IxS）。对比pC高而IxS低的患者与pC低而IxS高的患者，发现二者菌群存在显著差异，说明肾病患者的菌群比较多变，或许不易找到通用的菌群干预疗法。

肾病晚期 INTESTINAL BACTERIA INTESTINAL MICROBIOLOGY 肠道菌群 Junjun Wang

低谷蛋白饮食

Nature子刊：低麸质饮食怎样影响健康人的肠道菌群和代谢？

越来越多的人开始尝试低谷蛋白饮食，但其对健康人的影响尚未明确。Nature Communications上发表的一项最新研究，在60名健康中年人进行了一项随机对照交叉试验，发现低谷蛋白/麸质饮食可改变肠道菌群，减少氢气呼出量并改善腹胀，降低体重并减少炎症小体激活。

低谷蛋白饮食 Shahrad Taheri Hadeel Zaghloul Odette Chagoury

益生菌

对一种潜在二代益生菌的安全性评估

mSystems上发表的一项在30名健康志愿者中进行的安全性评估试验，发现产丁酸菌Butyricicoccus pullicaecorum 25-3的安全性及耐受性良好，有成为二代益生菌的潜力。

益生菌 Butyricicoccus pullicaecorum metabolome Microbiome next-generation probiotic

代谢综合征

周宏伟+马文军等：菌群失调+久坐，促进代谢综合征

Microbiome刚刚上线了来自南方医科大学周宏伟和广东省疾病预防控制中心马文军团队主导的研究，分析了我国广东省7000多人的肠道菌群、生理、经济状况、饮食和运动等方面的信息，在人群水平上鉴定出肠道菌群与代谢综合征和经济状况的关联，发现菌群失调与长期久坐的生活方式共同影响代谢综合征的发生。该研究是目前最大的东方国家人群的肠道菌群流行病学研究，相关发现对我国的代谢疾病的研究和防控有重要意义。

代谢综合征广东省肠道菌群计划肠道菌群社会经济状况生活方式

寄生虫

IBD患者的芽囊原虫携带率较低

在人体肠道菌群的研究中，常常忽略了对单细胞真核生物（例如芽囊原虫）的关注。来自Gut上发表的一项最新研究发现，IBD患者中芽囊原虫的携带率较低，而芽囊原虫亚型与肠道菌群的组成有着显著关联。研究结果提示，芽囊原虫的携带及其亚型可能与人体健康相关，在粪菌移植时或应关注其影响。

寄生虫炎症性肠病寄生虫芽囊原虫 Gustavo Mostoslavsky

诊断标志物

周宏伟+马文军等：菌群诊断模型不能忽视地域性

肠道菌群与疾病关联密切，用菌群标志物建模进行疾病的无创诊断，是其临床应用的一大方向。Nature Medicine刚刚上线了由南方医科大学周宏伟和广东省疾病预防控制中心马文军团队主导的研究，分析了广东省内不同地区居民的粪菌样本，揭示出人体肠道菌群的地域性，并发现用于代谢疾病的菌群诊断模型，在不同地区间难以通用，而这种区域化限制在不同疾病间也存在差异。这些发现对于肠道菌群与疾病的研究，尤其临床应用方面，有很大的参考价值。

诊断标志物诊断标志物肠道菌群代谢紊乱地域差异