Jun Wang

肠道微生物组在调节宿主健康和疾病方面起着关键作用。作为一个巨大的功能分子库，它在临床应用上具有巨大潜力。其中一个具体的研究领域是寻找抗癌肽（ACPs）作为创新的癌症治疗方法。然而，由于对实验方法的严重依赖，ACPs的发现受到了一定的限制。为了克服这一限制，中国科学院微生物研究所的王军团队与动物研究所的宋默识团队联合在Advanced Science上发表了一项研究。他们采用了一种新的方法，利用ACPs和抗菌肽（AMPs）之间的重叠，通过将成熟的AMP预测方法与宏基因组的挖掘技术相结合，共确定了40种潜在的ACPs，其中两种ACP显示出独特的特征和显著的抗癌活性，且无明显的细胞毒性。这一发现突出了多中心挖掘方法的功效，有效地从肠道微生物组中发现了新的ACPs。这种方法不仅对扩大结直肠癌的治疗方案有帮助，而且对其他类型的癌症也具有重大意义。

抗癌肽肠道宏基因组

原发性干燥综合征

张烜+王军：未经治疗的原发性干燥综合征患者的肠道菌群失调

北京医院的张烜团队与中国科学院微生物所的王军团队在Journal of Autoimmunity上发表的一项最新研究结果，对比了原发性干燥综合征（pSS）患者、系统性红斑狼疮（SLE）患者及健康对照的肠道菌群组成及功能的差异。

原发性干燥综合征研究论文队列研究

施一+王军+王奇慧：膳食补充SCFA或可缓解阿尔兹海默症

中枢神经系统（CNS）疾病，尤其是阿尔茨海默病（AD），是老龄化社会的主要健康负担。细菌发酵产生的SCFA 是调节神经退行性疾病（包括 AD、亨廷顿氏病和帕金森氏病 (PD)）的关键分子，然而目前关于SCFA在衰老过程中对星形胶质细胞和神经元的代谢相互作用知之甚少。近日，中国科学院微生物研究所施一团队联合王军、王奇慧团队在Redox Biology上发表文章，发现SCFA通过促进星形胶质细胞-神经元谷氨酸-谷氨酰胺穿梭，有助于缓解AD，本研究对开发新型AD药物具有重要意义。

肠道病毒群

张烜+王军等：系统性红斑狼疮中的肠道病毒组紊乱

系统性红斑狼疮（SLE）是一种多发于青年女性的累及多脏器的自身免疫性炎症性结缔组织病，早期、轻型和不典型的病例日渐增多。越来越多的证据表明，肠道菌群紊乱在SLE的发病机制中起重要作用，但肠道病毒组仍不清楚。近日，中国医学科学院张烜、微生物所王军及团队在Science Bulletin发表最新研究，发现SLE患者肠道病毒多样性和分类显著改变，SLE中受到干扰的肠道病毒组可以驱动IFN-I反应，从而为SLE发病机制提供新见解，值得关注。

肠道病毒群系统性红斑狼疮研究论文基础研究噬菌体

肠道菌群

张烜+王军：原发性干燥综合征患者菌群特征

原发性干燥综合征是一种慢性全身性自身免疫性疾病，特征是外分泌腺的炎症和破坏，主要导致眼睛和嘴巴干燥，其确切的发病机制尚未明确。近年来，与自身免疫密切相关的肠道菌群备受关注。中国医学科学院北京协和医学院张烜团队与中国科学院微生物所王军团队合作，在Journal of Autoimmunity发表最新研究，通过鸟枪法宏基因组测序分析了来自78名原发性干燥综合征患者和78名匹配的健康对照人群的粪便样本，并与来自49名系统性红斑狼疮（另一种自身免疫性疾病）患者的粪便样本进行了比较。揭示原发性干燥综合征中具有临床重要性的菌群特征和途径，有助于阐明肠道菌群紊乱在该疾病发展中的作用，并为未来的机制研究提供方向。

肠道菌群原发性干燥综合征研究论文基础研究系统性红斑狼疮（SLE）

衰老机制

重磅综述：国内多团队联合撰写“衰老全景图”

人类的衰老是一个极其复杂的过程，其特征是时间依赖性的功能下降，导致生活质量下降。随着人口老龄化的加剧和衰老相关疾病的高发，“健康老龄化”的迫切需求引发了社会各界对生命科学、社会科学中一系列重要问题的密切关注。近日，国内20个团队的53位科研人员联合撰写的衰老全景综述，发表在SCIENCE CHINA Life Sciences。该综述参考了上千篇衰老相关领域研究文献，以超5万字、20张插图和5张表格的篇幅，从衰老的机制、器官衰老特征和衰老干预三个方面系统总结了衰老领域的经典理论、以及近年来衰老研究取得的重要进展。最后作者们呼吁未来需要借助现代生物学的新模型系统、新兴工具和技术继续深入挖掘衰老机制和干预靶标，从而有助于推动人类卫生健康共同体的构建和人类健康老龄化的实现。总之，该综述是目前国际上最为详尽的衰老研究综述之一，非常值得精度和参考。

衰老机制衰老干预综述基础研究健康老龄化

扁桃体菌群

何菁+王军+栗占国等：扁桃体菌群如何维持免疫平衡？

扁桃体是重要的淋巴器官，贮存着丰富的微生物，其微生态失调引发的局部免疫激活可诱发全身免疫反应。近日，北大人民医院何菁、栗占国和中国科学院微生物所王军及团队在Advanced Science发表最新研究，发现类风湿关节炎患者（RA）扁桃体抗菌肽salivaricin合成明显减少，会进一步引起Tfh异常分化和IL-21过度表达，可能是患者自身免疫反应异常的诱因之一。通过关节炎小鼠模型发现，证实salivaricin具有预防和治疗实验性关节炎的作用。总之，该研究为自身免疫病的治疗提供了新的治疗靶点及理论依据。

扁桃体菌群类风湿关节炎研究论文基础研究自身免疫病

肠道菌群代谢物

王军+宋默识+张发明：菌群代谢物甲硫氨酸影响宿主生物钟基因表达和活性氧水平

昼夜节律对于宿主健康和菌群稳态都很重要。Protein & Cell近期发表了中科院微生物所王军、中科院动物所宋默识、南京医科大学第二附属医院张发明与团队的研究，分析了小鼠和人体肠道菌群中共同存在的节律性代谢特征，并分析了其中的关键代谢物——甲硫氨酸对宿主和菌群的影响，包括对生物钟基因的影响以及对活性氧的中和作用等，并在小鼠中证实补充膳食甲硫氨酸能改善睡眠不足对身体带来的多种负面影响。

肠道菌群代谢物昼夜节律甲硫氨酸 mRNA甲基化生物钟

宏基因组

王军+宋默识Nature子刊：二代+三代测序，深挖人类肠道菌群

中科院微生物所王军团队和中科院动物所宋默识团队合作，在Nature Communications发表文章，报道了一种新方法，结合短读长的二代测序（Illumina）和长读长的三代测序（纳米孔）数据进行宏基因组分析，深入挖掘了人类肠道微生物组的基因结构变异、原噬菌体和CRISPR间隔元件，在菌株水平上揭示了肠菌功能差异以及与宿主代谢组和表型的关系。

宏基因组三代测序牛津纳米孔测序菌株水平肠道菌群

肠道菌群代谢产物

王军团队：肠道菌群-宿主互作中的代谢物

肠道菌群代谢产物在健康与疾病中的作用正在得到越来越多的关注。EBioMedicine近期发表了中科院微生物所王军团队的综述，总结了复杂疾病中肠道菌群代谢物的变化，探讨了其中的相关性、因果性和机制，阐述了肠道菌群和药物之间的相互作用对药物疗效的影响，并讨论了从菌群代谢物中开发药物的研究方向和策略。

肠道菌群代谢产物药物-菌群互作宿主-菌群互作

真菌组

王军+蔡磊+陈亮：全长rRNA操纵子纳米孔测序，赋能真菌组研究

Molecular Ecology近期发表了来自中科院微生物所王军、蔡磊、陈亮与团队的研究成果，建立了基于真菌全长rRNA操纵子纳米孔测序的真菌组研究方法，揭示了以前的方法可能低估的真菌组物种多样性。

真菌组牛津纳米孔测序全长rRNA操纵子

肠-肝轴

王军+宋默识：肠系膜淋巴系统或是肠-肝轴的第二通路

门静脉连接肠道与肝脏，将肠道吸收的代谢物运送到肝脏中。肠-肝轴中是否还存在其他的代谢物运输途径，尚不清楚。中科院微生物所王军、中科院动物所宋默识与团队近期在Journal of Genetics and Genomics发表研究，发现肠系膜淋巴系统可能是肠-肝轴中从肠道向肝脏运输代谢物的第二通路，在代谢调节方面发挥作用。

肠-肝轴肠系膜淋巴系统代谢物

药物研发

王军+陈义华NBT突破：用人工智能大规模挖掘人肠道菌群中的抗菌肽

抗生素耐药菌（特别是多重耐药菌）对人类健康造成严重威胁，亟需开发新的抗菌药物。生物体（包括肠道微生物）产生的抗微生物肽（AMP）是研发新型抗菌药物的弹药储备库，但受限于已有技术，仍有大量AMP尚未被挖掘出来，人工智能（AI）算法在该领域中有很大的应用潜力。中国科学院微生物研究所王军团队与陈义华团队合作在Nature Biotechnology发表最新研究，结合多种自然语言处理神经网络模型，建立了能自主学习AMP序列特征从而挖掘鉴定新型AMP的AI方法，并用该方法从人肠道微生物组数据中挖掘出181个新型AMP，包括能在体内外有效抑制多重耐药菌的强效AMP。总之，这项概念验证研究不仅为研发抗菌药物提供了大量的候选AMP，也为利用AI从宏基因组数据中挖掘功能肽提供了一个优秀的范例。

药物研发抗菌肽人工智能深度学习宏基因组

抑郁

谢鹏+周新雨：抑郁猴的大肠黏膜和肠腔菌群发生了什么变化？

此前对重度抑郁症（MDD）的肠-脑轴研究大多集中在粪便菌群，而缺乏对肠黏膜菌群和肠腔菌群的分析；而且，相关研究多数采用的是小鼠模型，而小鼠的菌群与人类有较大差异。重庆医科大学第一附属医院谢鹏、周新雨与团队，在Molecular Psychiatry发表的一项最新研究填补了这些空白。该研究通过慢性不可预知温和应激（CUMS）方法构建了MDD食蟹猴模型，用16S测序和代谢组学方法，揭示了猴子的抑郁表型与不同肠段的黏膜和肠腔菌群组成和功能的关系，为进一步揭示肠道菌群在MDD发病机理中的作用，提供了新视角。

抑郁食蟹猴肠粘膜菌群肠腔菌群肠道菌群功能

三代测序技术的宏转录组

王军+周宏伟+解立新：建立靶向RNA的病原检测新方法mtNGS和mtTGS

以牛津纳米孔测序技术（ONT）为代表的三代测序拥有快速制备文库及超长读长等优势，能有效提高临床样本中病原的检测，而ONT直接RNA测序技术也为临床样本中RNA病原无偏的检测提供了可能。为此，中科院微生物所王军、南方医科大学珠江医院周宏伟、解放军总医院第八医学中心解立新与研究团队，收集了肺泡灌洗液、脑脊液和血液样本，建立了RNA/cDNA靶向测序（mtNGS（使用二代测序技术的宏转录组）），以减少临床样本中的宿主核苷酸比例，并通过与ONT相结合（mtTGS（使用三代测序技术的宏转录组））以缩短测序时间。

三代测序技术的宏转录组牛津纳米孔技术病原检测宏基因组测序

中医药

仝小林+李敏+王军：葛根芩连汤调节肠道菌群，缓解大鼠糖尿病

葛根芩连汤（GQD）是一种中药，有报道称它能显著降低血糖水平，可能与肠道菌群有关。中国中医科学院广安门医院仝小林院士、李敏和中科院微生物所王军与团队，近期在Frontiers in cellular and infection microbiology发表研究，揭示了GQD对糖尿病大鼠的肠道菌群、肠屏障功能和炎症的影响，表明GQD的降糖机制可能是由其对肠道菌群的调控所介导的。

中医药 2型糖尿病大鼠肠道菌群葛根芩连汤

天然淋巴细胞

王军团队：天然淋巴细胞在胃肠道疾病中的研究进展（综述）

天然淋巴细胞 (innate lymphoid cells, ILCs，也称“固有淋巴细胞”) 是一类固有免疫细胞，其分类类似于T细胞，分为ILC1、ILC2、ILC3及ILCreg四大类。大量研究表明ILC在胃肠道疾病中有多类型多方向的作用。近日，中国科学院微生物研究所王军团队在Journal of Genetics and Genomics发表综述，总结了ILCs与多种胃肠道疾病间的关联，并展望了其在免疫治疗方面可能的应用前景。

天然淋巴细胞胃肠道疾病 Innate Lymphoid Cells gastrointestinal diseases colorectal cancer

舌苔微生物群

仝小林+曾益新+王军：菌群分析背书中医望舌诊断？

望舌是通过察看舌质和舌苔的形态、色泽、润燥等方面的变化测知病情变化的一种独具特色的诊法，在中医诊断中占有重要地位。近日中国中医科学院广安门医院仝小林院士、中科院生物物理所曾益新、中科院微生物所王军及团队在Journal of Oral Microbiology发表文章，阐述健康人群中不同舌苔类型的微生物特征及其与疾病的潜在关联。

舌苔微生物群中医舌苔类型研究论文

高脂饮食

蛋白质与肠道菌群互作影响机体脂代谢

文章探究了不同来源的蛋白（酪蛋白和乳清蛋白）的不同剂量（10-30%）对高脂饮食小鼠体重和组织脂肪。研究结果显示，高脂饮食增加小鼠体重和组织重量，但不同的膳食蛋白对小鼠菌群、体重等影响不同。

高脂饮食膳食蛋白

人肠道菌群

王军+张发明：人体肠道菌群的原位重建及昼夜节律

目前对于人肠道菌群的认知大多是源于对粪便菌群的分析，但粪便菌群不能完全反映出菌群在肠道内的原位情况，也限制了对人肠道菌群在更精细时间尺度上的动态变化的研究。中科院微生物所王军团队与南京医科大学第二附属医院张发明团队合作，在Engineering发表研究论文，通过结肠TET方法采集人体原位的回盲部菌群样本，揭示了肠道菌群在泻药扰动后的固有恢复力，以及人回肠菌群在组成和功能层面上的昼夜节律动态，并分析了菌群扰动和重建通过代谢物对宿主的潜在影响。

人肠道菌群昼夜节律菌群重建经内镜肠道植管术多组学

肠道微生物组

郑钜圣、王军等：肠道菌群与新冠重症风险密切关联

2021年5月3日，Journal of Genetics and Genomics在线发表了西湖大学郑钜圣教授、郭天南教授、中山大学陈裕明教授、中国科学院微生物所王军研究员团队合作的研究论文。该研究通过结合多组学（蛋白质组、肠道微生物组及粪便代谢组）生物信息学分析，探索了肠道菌群、炎症因子以及COVID-19重症标记物间的关联。该研究为研究肠道菌群与宿主免疫之间的相互作用，评估感染COVID-19后的重症风险提供了新线索。

肠道微生物组粪便代谢组生物信息学炎症因子宿主免疫

新冠肺炎

杨鹏辉&王军团队：新冠肺炎患者的特征肠道病毒和细菌组

肠道是新冠病毒感染的器官之一，研究肠道微生态在新冠肺炎发生发展中的作用或有助于新冠肺炎的诊疗。中国解放军总医院杨鹏辉团队和中科院王军团队近期在Gut Microbes发表研究，对比了13名新冠肺炎患者与5名健康人的肠道细菌组与病毒组变化规律，发现两者的组成和变化在新冠患者中具有特殊性，受药物的影响也各有不同，而且在不同疾病严重程度的患者中具有差异。上述结果在小鼠实验中得到证实。本研究的成果，对于研究新冠肺炎的病程特征、感染过程中共生微生态-宿主互作都具有参考价值。

新冠肺炎研究论文病毒组肠道细菌组人

遗传-菌群互作

Nature子刊：1.8万人数据揭示遗传因素如何影响人肠道菌群

肠道菌群的组成受到饮食、药物等诸多因素的影响，宿主遗传因素也在一定程度上影响菌群特征，但相关研究还比较缺乏。Nature Genetics最新发表了由荷兰格罗宁根大学医学中心团队领导的MiBioGen国际联盟研究，中科院微生物所王军研究员是该论文的共同第一作者，格罗宁根大学傅静远教授为共同作者。该研究纳入了欧美、中东、东亚多个国家和种族的24个队列、超过1.8万人的基因组和肠道菌群数据，揭示了肠道菌群在不同人群间的异质性，鉴定出若干可遗传的细菌类群以及31个影响菌群组成特征的基因位点（例如：乳糖酶基因可影响双歧杆菌、岩藻糖转移酶基因可影响特定瘤胃球菌），并通过基因集富集分析、全表型组关联研究和孟德尔随机化方法等，探索了遗传-微生物关联对宿主健康相关特征的潜在影响，包括特定肠道细菌与人类疾病间的因果效应等。该研究是迄今规模最大的人类遗传与肠道菌群的关联性研究，推荐专业人士参考和研读。

遗传-菌群互作 genome-wide association studies Microbiology 微生物组全基因组关联分析人肠道菌群

小檗碱

仝小林、王军等：葛根芩连汤调菌群降血糖，小檗碱是关键成分

葛根芩连汤（GQD）是一种常用于2型糖尿病的中药配方。来自中科院微生物所的王军团队、广安门医院的仝小林院士和赵林华与团队，在Genomics, Proteomics and Bioinformatics上发表的一项最新研究，发现GQD可通过其关键组分——小檗碱调节肠道菌群的组成，富集丁酸盐产生菌，调控回肠基因表达，并降低全身及胰岛的炎症因子表达，从而降低糖尿病大鼠的血糖。

小檗碱葛根芩连汤研究论文基础研究动物实验

系统性红斑狼疮

张烜+王军：系统性红斑狼疮患者的肠道菌群变化

肠道菌群变化与系统性红斑狼疮（SLE）相关。来自北京协和医院的张烜团队及中科院微生物所的王军团队在Arthritis and Rheumatology上发表的一项队列研究结果，对比鉴定了未治疗SLE患者的肠道菌群组成与功能变化，并发现在SLE患者中富集的部分菌种来自于口腔菌群，且来自这些SLE相关细菌的多肽可通过分子模拟触发自身免疫应答。该研究结果提示，调控肠道菌群或可作为治疗SLE的潜在辅助疗法。

系统性红斑狼疮研究论文菌群-免疫互作队列研究口腔菌群

肠道菌群

郑钜圣+陈裕明+王军：看似不同的疾病，却可能有相似的菌群特征

疾病与菌群之间的因果关系是菌群研究的一大焦点。Microbiome最新发表了西湖大学郑钜圣、中山大学陈裕明和中科院微生物所王军与团队的研究，在中国人群中分析了遗传对肠道菌群的影响，然后通过双向孟德尔随机化分析，研究了人肠道菌群与复杂疾病之间的因果关系，并根据菌群特征的共性和特性对不同疾病进行了聚类，发现一些看似不同的疾病，可能有着相似的菌群特征，提示这些疾病之间可能在病因机制上存在关联。

肠道菌群遗传疾病 gut microbiome host genetics

粪菌移植

张发明团队：FMT治疗UC何时应进行第二疗程？哪些肠菌能预测疗效？

越来越多的研究证据表明粪菌移植（FMT）可有效诱导活动期溃疡性结肠炎（UC）患者获得临床缓解，且严重不良反应事件发生率低。但是目前很少有研究报道FMT对于UC应保持怎样的治疗频率从而更好地维持其长期疗效。南京医科大学第二附属医院张发明团队李潘等2018年曾报道，获益于FMT的克罗恩病患者在首疗程治疗后的3个月应接受第二疗程FMT治疗（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1084046042）。Clinical and Translational Gastroenterology近日发表了一篇来自张发明团队的临床研究，发现获益于FMT的UC患者也应该在首疗程后3个月接受第二疗程FMT治疗，以更好地维持长期临床疗效。该研究同时还探究了患者治疗前后短期内菌群变化与长期疗效的关系。本研究将会促进临床医生考虑将FMT的序贯治疗付诸实践作为UC的长期治疗策略。

粪菌移植溃疡性结肠炎肠道菌群治疗策略疗效预测

微生物组全基因组关联分析

Nature子刊：遗传与肠道菌群特征的新关联

遗传是影响微生物组的因素之一，但目前人们对这一领域的认识仍很有限。《Nature Microbiology》发表的一项最新研究，在1个比利时队列和2个德国队列中进行了微生物组全基因组关联分析，鉴定出多个菌群与宿主遗传之间的新关联，并用孟德尔随机化方法分析了特定肠道菌与疾病表型的潜在因果关系，推荐专业人士关注。

微生物组全基因组关联分析 Genetics Microbiome Quantitative trait 宿主-菌群互作

人类肠道病毒组

微生物所王军组发表Nanopore三代测序人类肠道病毒组的方法

Oxford Nanopore 的测序技术已成功用于多种应用场景下的宏基因组测序。2020年5月8日，中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室，中国科学院微生物研究所王军教授课题组的曹佳宝博士等人在《Medicine in Microecology》杂志发表了题为“Profiling of Human Gut Virome with Oxford Nanopore Technology”的文章。作者利用纳米孔测序，基于纳米孔高通量测序PromethION平台开发出一套用于病毒颗粒物理富集、逆转录、随机扩增来分析人类肠道病毒的工作流程。结果发现使用Nanopore测序病毒DNA和扩增后的病毒DNA/cDNA可获得更长读长的序列，提供有关病毒多样性的更多信息，且许多病毒序列并不在当前数据库中。此外，使用Nanopore测序非扩增的病毒DNA可以对噬菌体的表观遗传修饰（甲基化）信号进行检测。

人类肠道病毒组富集扩增牛津纳米孔技术表观基因组学

肠道微生物组

王军、马永慧等：关于肠道菌群研究的7大事实和5大倡议（评论）

中科院微生物所王军、厦门大学马永慧与团队的评论文章，近期在《Protein & Cell》发表，基于2019年12月由热心肠智库上百位专家联署发起的《关于肠道菌群研究的7大事实和5大倡议》（https://www.mr-gut.cn/articles/ss/01de2426bf354effa63c64a5c53d3abd?kf=zhiku），展现了肠道微生物组研究的现状，并发出5条倡议，呼吁学界和产业界共同努力促进肠道微生物组研究和产业转化的健康发展。

肠道微生物组利益冲突 Guo-Tian Ruan Hai-Lun Xie Kai-Tao Yuan