Karsten Kristiansen

口腔内有高度多样化的微生物群落。然而，分离物种和高质量基因组的数量有限。近日，华大基因的肖亮、邹远强及团队在NPJ Biofilms and Microbiomes发表最新研究。通过需氧和厌氧模式从志愿者的牙菌斑、舌头和唾液中分离口腔菌群，建立了口腔培养细菌基因组参考目录，含1089个高质量基因组，并识别到多种未分类注释物种，值得关注。

口腔菌群培养组学研究论文基础研究参考基因组

参考基因组

肖亮+邹远强等Nature子刊：新的可培养人类肠道细菌参考基因组景观图

独立于培养物的宏基因组研究彻底改变了人们对肠道菌群的理解。然而，缺乏来自培养物种的完整基因组仍然是阻碍深入研究肠道菌群的高墙。近日，深圳华大基因邹远强、肖亮及Karsten Kristiansen在Nature Communications发表最新研究，提出了一个扩展版的培养基因组参考CGR2，包含3324个高质量的分离株基因组草图，这些分离株是从大规模培养的健康中国个体的粪便样本中分离的。总之，该研究为更全面探索人类肠道菌群及相关代谢产物提供了宝贵的资源，值得关注。

参考基因组人类肠道研究论文基础研究培养组学

双向情感障碍

胡少华+宋学勤+聂超等：双相情感障碍中“菌群-肠-脑轴”新机制

双相情感障碍（也称躁郁症；BD）是一种常见的、高自残的精神疾病，伴有睡眠、思维和行为改变。BD为间断性病程，有躁狂发作、轻躁狂发作及抑郁发作方式，因病因复杂，BD的临床诊治面临极大挑战。近年来，多项研究发现脑-肠-微生物轴和BD等精神疾病密切相关，但确切的参与机制不明。近日，浙大一院胡少华、华大基因聂超、郑大一院宋学勤、联合丹麦的团队在Molecular Psychiatry发表研究，发现BD患者肠道菌群失调，血清代谢物水平发生明显变化，Akk菌和柔嫩梭菌等与B族维生素、短链脂肪酸衍生物、犬尿氨酸及GABA等神经活性代谢物显著相关。血清非靶向代谢组学、粪便宏基因组学以及脑部磁共振联合分析，发现BD患者血清代谢物对大脑功能活动的影响大于肠道菌群。总之，该研究为构建以肠道菌群为靶点，实现临床BD的精准诊疗提供了新的线索。

双向情感障碍多组学分析研究论文医学研究临床对照实验

动物菌群

益生菌及合生制剂影响虹鳟鱼的肠道菌群及代谢组

动物菌群研究论文基础研究其它动物虹鳟鱼

肠道菌群

孕期母体肠道菌群或影响子代过敏风险（综述）

本综述总结了现阶段有关妊娠期母亲菌群与子代哮喘和过敏风险之间关联的证据，并提出了新的假说，为进一步开展相关研究提供了思路。

肠道菌群综述哮喘过敏

新冠肺炎

国内团队：新冠重症患者的呼吸道菌群失调特征

目前尚不清楚新冠患者的呼吸道和其他感染组织的微生物组成以及它们对不同程度疾病严重程度的可能致病作用，广州医科大学第一附属医院赵金存、黎毅敏和深圳华大研究院李俊桦、徐讯与研究团队，近期发表于Cell Discovery的一项研究发现，在广谱抗菌治疗的新冠重症患者中存在明显的微生物失调特征。

新冠肺炎呼吸道菌群

儿童肠道菌群发育

Cell子刊：0-5岁的肠道菌群发育轨迹

肠道是一个复杂的生态系统，出生时就建立了肠道菌群。然而，不同细菌进入肠道微生物群的顺序仍然相对未知。Cell Host and Microbe近期发表的文章，对471名儿童的肠道菌群发育进行纵向研究，发现5岁儿童已经获得高群落丰富度的微生物，但肠道菌群仍然在发育中，未达到成人的复杂程度。肠道菌群发育具有个体动态性，可能表明肠道菌群在生命早期发育中具有不同时间的敏感点。

儿童肠道菌群发育剖腹产肠道菌群定植

菌群-免疫互作

IgA缺陷者的肠道菌群失调

IgA缺陷可能导致复发性粘膜感染，可能与肠道菌群的变化相关。来自Gastroenterology上发表的一项最新研究，发现相比于IgA水平正常者，IgA缺陷者的肠道菌群多样性、组成及功能均显著改变，IgA缺陷者的肠道菌群有着更高的致病性及促炎性。另外，在部分IgA缺陷者的血清中可检测到IgA特异性IgG抗体，而这部分个体的肠道菌群失调更为明显。

菌群-免疫互作研究论文基础研究队列研究 IgA

皮肤菌群

复旦+华大：迄今最大规模的中国汉族人皮肤菌群宏基因组研究

近年来，越来越多的微生物组研究将目光从肠道转向了肠外。其中，皮肤菌群备受关注。此前的研究已表明皮肤菌群对皮肤外观和皮肤健康具有重要作用。但是由于皮肤菌群的生物量较低，已发表的大多研究均采用了16S rRNA测序法。近期，复旦大学生命科学学院王久存团队与深圳华大生命科学研究院发表于Microbiome的这篇文章，采用宏基因组测序法检测了超过800个来自健康中国汉族人群面部皮肤菌群样本，分析了皮肤菌群的组成和功能特点，并提出了两种不同的皮肤亚型，加深了我们对皮肤菌群的理解。这些结果将有助于我们后续进一步探究皮肤菌群与皮肤疾病之间的关系。

皮肤菌群

遗传-菌群互作

张涛+贾慧珏+侯勇：深度剖析中国人的遗传-菌群关联

人体遗传因素在一定程度上能影响肠道菌群的组成和功能，但相关研究尚未充分开展。Cell Discovery近期发表了深圳华大生命科学研究院张涛、贾慧珏、侯勇与研究团队的成果，纳入近1300名中国人，首次通过深度的全基因组和宏基因组测序，分析了宿主遗传（常见变异、罕见变异和拷贝数变异）与肠道菌群之间的关联，并首次揭示了这些关联中的性别差异。这些发现对于研究宿主遗传因素对肠道菌群的影响及其在健康与疾病中的作用，有重要参考意义。

遗传-菌群互作微生物组全基因组关联分析性别差异

阴道菌群

贾慧珏等: 阴道菌群，关乎女性健康的方方面面

阴道菌群女性怀孕史

减肥干预

华大研究院：谁更易减肥成功？肠道菌群或是最强预测力

很多人都知道减肥的名言“管住嘴，迈开腿”，但是现实却很残酷，同样的减重措施却有千差万别的结果。近期深圳华大生命科学研究院的蔡锴晔团队与合作者，在Gastroenterology发表的一项相关研究发现，基线时的肠道菌群可以预测节食减肥的结果，且在减重过程中一些细菌种类的丰度发生明显变化。这些发现为基于肠道菌群的个体化减肥饮食干预，提供了新思路。

减肥干预肠道菌群个体化干预热量限制

微生态变迁

纪立农+李俊桦等：Nature子刊揭秘成年人肠道微生态“变迁史”

肠道共生微生物伴随人类一生，影响宿主并受宿主的代谢、饮食等多重因素影响。Nature Aging近期发表了北京大学人民医院纪立农、深圳华大生命科学研究院李俊桦与研究团队的大人群数据研究，发现肠道共生菌群结构的宿主性别差异性、随宿主年龄的变化规律均具有跨人种的普适性，指出了宿主激素水平-肠道共生菌群-宿主代谢之间的重要关联。本研究开创性地探讨肠道共生微生态变化的普遍规律，对于揭示共生微生态-宿主互作、开发普适性的菌群干预手段具有重要意义，值得参考。

微生态变迁微生态-宿主互作大数据研究消化道微生态人

2型糖尿病

国内团队：前驱糖尿病与未治疗2型糖尿病患者的肠道菌群变化

来自深圳华大基因研究院团队与苏州疾控中心团队合作在EBioMedicine上发表的一项最新研究，通过对未经治疗的2型糖尿病患者、前驱糖尿病患者及血糖正常的健康人的肠道宏基因组及宏蛋白组进行分析对比，鉴定出了2组患者在肠道菌群及功能上的变化。

2型糖尿病 metagenomics Metaproteomics prediabetes Treatment-naïve type 2 diabetes

菌群-肠-脑轴

马现仓+贾慧珏等：肠道菌群异常可影响色氨酸代谢，促进小鼠精神分裂症状

Molecular Psychiatry最新发表了由西安交通大学附属第一医院马现仓和华大基因贾慧珏等主导的研究，用粪菌移植等方法表明肠道菌群异常可促进精神分裂症，一定程度上与菌群引起的色氨酸代谢异常（色氨酸-犬尿氨酸-犬尿喹啉酸通路上调）有关，提示菌群-肠-脑轴在精神分裂症中的重要作用。

菌群-肠-脑轴精神分裂症粪菌移植小鼠色氨酸代谢

肠道细菌参考基因组

华大基因团队：1520个人肠道单细菌参考基因组，助力菌群研究

华大基因的肖亮、贾慧珏和李俊桦与团队的重要研究，近期在Nature Biotechnology发表。该研究通过培养组学方法，从健康人粪便样本中获得1520个单菌基因组草图，对现有的人肠道细菌参考基因组有很大补充；并通过功能注释和泛基因组分析，加深了对肠道细菌功能和特点的了解。这些成果将助力人肠道宏基因组学分析和相关应用转化研究，值得专业人士仔细阅读。

肠道细菌参考基因组肠道菌群培养组学宏基因组学肠道菌群功能

儿童肠道菌群

学龄儿童可能存在3种肠型特征

儿童肠道菌群 School-age children Gut microbiota enterotype Metabolic phenotypes

低谷蛋白饮食

Nature子刊：低麸质饮食怎样影响健康人的肠道菌群和代谢？

越来越多的人开始尝试低谷蛋白饮食，但其对健康人的影响尚未明确。Nature Communications上发表的一项最新研究，在60名健康中年人进行了一项随机对照交叉试验，发现低谷蛋白/麸质饮食可改变肠道菌群，减少氢气呼出量并改善腹胀，降低体重并减少炎症小体激活。

低谷蛋白饮食 Shahrad Taheri Hadeel Zaghloul Odette Chagoury

饮食与代谢

Cell子刊：对高脂饮食的适应性变化，或对代谢有益

高脂饮食对健康的影响，是近年来学界的争议热点，但相关机制的人体干预性研究比较少。Cell Metabolism上线的一项最新研究中，志愿者和小鼠食用6周高脂低碳水的适当热量饮食，引起了肌肉、肝脏、血液和肠道菌群的适应性变化，不仅维持了胰岛素敏感度，还能降低血液中的甘油三酯、肝脏脂肪和糖生成。而且不论摄入的是“健康”脂肪（多不饱和脂肪）还是“不健康”脂肪（饱和脂肪），都可诱导这些有益的代谢效应。这些发现说明，在不过量摄入热量的前提下，短期的高膳食脂肪摄入可诱导对代谢有益的适应性变化。不过这些结论的普适性，以及这种饮食模式的长期效应，还需要更多研究来检验。

饮食与代谢多不饱和脂肪酸饱和脂肪酸膳食脂肪胰岛素敏感性

子宫共生菌群

华大基因+北大深圳医院：宏基因组测序表明子宫有菌

这是华大基因贾慧珏博士领衔并与北大深圳医院吴瑞芳教授合作的女性生殖道菌群研究的新进展。在之前研究（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1058590604）的基础上，他们又结合Illumina和BGISEQ-500测序平台，通过宏基因组测序鉴定了从阴道至腹膜液微生物的渐变特征，还通过附加人群交叉验证了所得结论。迄今为止最为系统的中国人女性生殖道菌群研究，值得特别关注。相关阅读：Microbiome：现有证据不足以支持子宫内有菌（综述）（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1033194888）；子宫内膜有什么菌群？对生育有何影响？(综述)（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1091906476）；Nature：子宫里的胎儿有菌无菌？可能有但争议犹存（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1067265924）；Lancet子刊：菌群研究要警惕“喜马拉雅山上的蓝鲸”（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1090644533）。

子宫共生菌群 metagenomics microbiota Female upper reproductive tract 宏基因组测序

食蟹猴肠道微生物组

华大基因：建立食蟹猴的肠道微生物组基因目录

食蟹猴在遗传和生理上与人类相似，是生物医学研究和药物研发的常用模式生物。华大基因在GigaScience发表一项最新研究，用宏基因组测序方法，建立了食蟹猴肠道微生物基因目录，分析了其功能通路，并与人、猪和小鼠进行比对，为今后以食蟹猴为模型进行肠道菌群和相关人类疾病的研究，打下坚实基础。

食蟹猴肠道微生物组 Macaca fascicularis gut microbiota gene catalog gut microbiome core genera

超重

普氏菌属/拟杆菌属的比值可影响饮食干预的减肥效果

International Journal of Obesity上发表的最新研究揭示，肠道菌群的组成可影响饮食干预的结果，在超重受试者中，普氏菌属/拟杆菌属的比值越高，摄入高纤维饮食后的体重降低越多。

超重饮食干预普氏菌属拟杆菌属

饮食

华大基因等：素食对肠道菌群和免疫有何影响？

华大基因团队参与的一项研究近期在Frontiers in Immunology发表，首次用宏基因组测序分析了素食对肠道菌群和免疫的影响，表明短期素食（3个月）对免疫系统和菌群宏基因组没有显著改变，但长期素食可能使菌群的“炎症性”下降。

饮食素食肠道菌群免疫免疫球蛋白

结直肠癌(CRC)

于君+黄曦等：大肠癌中富集的7种细菌是潜在的诊断标记物

香港中文大学于君和黄曦团队共同主导的研究，本周在Microbiome上线。对不同人群中结直肠癌（CRC）患者的肠道菌群宏基因组数据进行荟萃分析，鉴定出在CRC中富集和减少的菌种。CRC中富集的7种细菌作为潜在的诊断标志物，可用于区分CRC与健康个体，有临床应用前景。

结直肠癌(CRC) 肠道菌群诊断标记物 Xingyin Liu Xingyin Liu

粪便样品储存

华大基因：用于室温储存粪便样品的低成本试剂

Microbiome[IF：8.496]发表了来自华大基因团队的最新成果，研发出一种低成本的基于N-溴代正辛烷基吡啶的试剂配方，可用于在室温条件下储存粪便样品2周时间，可用于样品的远距离运输，推荐专业人士参考。

粪便样品储存 Fecal sample Metagenomic sequencing N-octylpyridinium bromide Room temperature storage

水产养殖

将共生基因组学用于水产养殖

如何提高水产养殖业的产量？Trends in Biotechnology[IF：11.126]近期发表一篇观点文章，提出应综合多组学的数据和方法，将养殖鱼及其肠道菌群作为共生体，综合分析以找到提高产量、促进可持续生产的方法，并就具体问题进行举例，值得专业人士关注。

水产养殖共生基因组共生体共生组学 aquaculture

前驱糖尿病

Diabetologia：前驱糖尿病患者的肠道菌群如何变化

这是上周发表在Diabetologia[IF：6.08]的研究，分析了丹麦的前驱糖尿病患者的肠道菌群，发现存在一定程度的菌群失调，或许是低度炎症的信号，推荐专业人士参考。

前驱糖尿病 Akkermansia muciniphila Clostridium Faecal transfer Gut microbiota

肥胖

FP：蛋白质、肠道菌群和肥胖的关联（综述）

这是Frontiers in Physiology[IF：4.134]发表的系统性总结不同来源的蛋白质如何影响肠道菌群和代谢的综述，对肉类蛋白为何更容易导致肥胖做了证据总结。很值得细读的综述，特别推荐给大家。

肥胖膳食蛋白肉类蛋白植物蛋白 Marcus Grohmann

胆汁酸

NC：肠道菌群不同，阿卡波糖治糖尿病的效果不同

这是上海交大瑞金医院和华大基因团队所做的肠道菌群与糖尿病药物的潜在个体化应用研究，值得好好看看。

胆汁酸阿卡波糖 2型糖尿病 Rima H Mistry Uwe J F Tietge

全谷物

Gut：全谷物可减重并缓解炎症，但不明显影响菌群

这是刚刚发表的一项随机交叉试验，对比了全谷物饮食和精细谷物饮食对有代谢综合征风险的参与者的影响，一定程度验证和说明了全谷物对身体的益处，值得关注的是，肠道菌群及其代谢产物、胰岛素敏感度等未发现明显变化。值得关注，特别推荐。

全谷物减肥炎症 COLONIC MICROFLORA Diet